May 23, 2010

Problem: I’m using an embedded Tomcat server in an application in addition to another framework, and I get classpath errors when my application attempts to access framework components.

This problem is somewhat outside the scope of this article, but as it is a common classpath-related question, here is a brief rundown of what is causing your errors. When embedded in an application that includes another core framework such as Wicket or Spring, Tomcat will load the core class using the System classloader when starting the framework, instead of loading it from the application’s “WEB-INF/lib” directory. This is default behavior that makes sense when Tomcat is running as a standalone application container, but when embedded, it results in the resource being made unavailable to the web application. Java class loading is “lazy”, which means that the first classloader that requests a certain class owns the class for the remainder of its lifecycle. If the System classloader, whose classes are not visible to the web application, loads the framework class first, the JVM will prevent additional instances of the class from being created, causing the classpath errors. The way to get around this problem is to add a custom bootstrap classloader to your application. Configure this classloader to load the appropriate libraries on behalf of your web application, and then trigger the start-up of the rest of the application as normal. This will resolve all classloader conflicts in favor of your application.

September 22, 2009
September 17, 2009
September 12, 2009
September 10, 2009
August 31, 2009
August 25, 2009

チューインガム一つ

 チューインガム一つ
                   3年 村井安子

  
   せんせい おこらんとって
   せんせい おこらんとってね
   わたし ものすごくわるいとこした
   わたし おみせやさんの
   チューインガムとってん
   1年生の子とふたりで
   チューインガムとってしもてん
   すぐ みつかってしもた
   きっと かみさんが
   おばさんにしらせたんや
   わたし ものもいわれへん
   からだが おもちゃみたいに
   カタカタふるえるんねん
   わたしが1年生の子に
   「とり」いうてん
   1年生の子が
   「あんたもとり」いうたけど
   わたしはみつかったらいややから
   いややいうた
   1年生の子がとった

   でも わたしがわるい  
   その子の百ばいも千ばいもわるい
   わるい
   わるい
   わるい
   わたしがわるい 
   おかあちゃんに
   みつかれへんとおもとったのに
   やっぱり すぐ みつかった
   あんなこわいおかあちゃんのかお
   見たことない
   あんなかなしそうなおかあちゃんのかお見たことない
   しぬくらいたたかれて
   「こんな子 うちの子とちがう でていき」
   おかあちゃんはなきながら
   そないいうねん

   わたし ひとりで出ていってん
   いつでもいくこうえんにいったら
   よその国へいったみたいな気がしたよ せんせい
   どこかへ いってしまお とおもた
   でも なんぼあるいても 
   どこへもいくところあらへん
   なんぼ かんがえても
   あしばっかりふるえて
   なんにも かんがえられへん
   おそうに うちへかえって 
   さかなみたいにおかあちゃんにあやまってん
   けど おかあちゃんは
   わたしのかお見て ないてばかりいる
   わたしは どうして
   あんなわるいことしてんやろう
   もう二日もたっているのに
   おかあちゃんは
   まだ さみしそうにないている
   せんせい どないしよう

 ・・・「ほんとうの事を書こうな、安子ちゃん」
 ぼくがそういうと彼女は泣きだしたのだった。母親に帰ってもらって、
 ぼくたちはこの詩を書いた。そう、ぼくたちが書いた。
 ぼくは何もいわなかった。ひたすら安子ちゃんと向き合っていただけであった。
 彼女は一字書いては泣き、一行かいては泣いた。
 幼い少女が自らの中に刃を向けている。
 そして、不屈の人間を作り上げた。・・・・・  

August 24, 2009
小ざかしく悪知恵を働かせる子供って居ますよね.「ざぶとん」で遊んでいるときに,明らかに false positive な「ざぶとん!」を連発して1から13まで1枚ずつ確保してから確実に勝ちに行ったり,都落ちのある「大富豪」であえて富豪の地位を死守する戦略に出たり.そういう子供が成長した結果です.ごめんなさい.
August 19, 2009
August 6, 2009
What is “low-complexity” sequence? Regions with low-complexity sequence have an unusual composition that can create problems in sequence similarity searching. For amino acid queries this compositional bias is determined by the SEG program (Wootton and Federhen, 1996). For nucleotide queries it is determined by the DustMasker program (Morgulis, et al., 2006). Low-complexity sequence can often be recognized by visual inspection. For example, the protein sequence PPCDPPPPPKDKKKKDDGPP has low complexity and so does the nucleotide sequence AAATAAAAAAAATAAAAAAT. Filters are used to remove low-complexity sequence because it can cause artifactual hits. In BLAST searches performed without a filter, high scoring hits may be reported only because of the presence of a low-complexity region. Most often, it is inappropriate to consider this type of match as the result of shared homology. Rather, it is as if the low-complexity region is “sticky” and is pulling out many sequences that are not truly related.
August 4, 2009